三種は試験、二種は認定です。
電験三種は、電気主任技術者国家試験第三種の略称です。そのため、毎年9月に実施される試験を受ける必要があります。これに対して、業務経験で三種を取得するのは、認定三種と言われます。
電験三種と認定三種は、法的権限など同じです。違いは、資格番号が違うだけです。ただ、三種は、認定でなく試験で取得したいものです。業務で使う計算力を養うには、電験三種の試験問題が適切だからです。
ただし、二種は、認定でも良いと思います。電験三種も難易度が高いですが、電験二種は、さらに難関です。私(坂林)の元の職場の例で言うと10年に1人くらいの合格でした。従業員4万人の大きな会社で10年に1人です。極めて難関であることが理解して頂けると思います。
三種は試験で取得、二種は認定で取得がお勧めです。
参考にしてください。